Una leyenda acerca de la raza narra cómo un día un león se enamoró de una pequeña mona. Al ver su pasión imposible de realizarse, el león pidió ayuda a un mago. Éste, conmovido, proporcionó al león el tamaño de su pequeña amante sin por ello quitarle dignidad y fuerza. De esta unión nacieron los primeros Pekineses. Su cara simiesca y su temperamento temerario podrían justificar este cuento, pero el verdadero origen del Pekinés se fecha más allá de 500 años antes de nuestra era.

Ya en la época de Confucio (479 a. de C.) era utilizado en la caza menor. Desde sus más remotos orígenes los emperadores chinos se volcaron en esta raza, de las más antiguas, probablemente de origen tibetano, a la que consideraban de creación divina. En el principio de nuestra era se nota la influencia de los pequeños perros Tai, que debido a su diminuto tamaño se quedaban bajo la mesa, que en Oriente son muy bajas, dado que las personas se sientan en el suelo. La imaginación oriental atribuye al pequeño león imperial un sinfín de virtudes, que además están reflejadas en «El libro de los Cinco Emperadores».

Bajo la influencia del budismo, la imagen del león, que es la de Buda, convierte al Pekinés en la imagen viva de Dios. Resulta muy interesante saber que cada color, cada tono de pelaje, tenía un valor propio, incluso se les criaba para obtener tonos de pelaje acordes con el vestuario de la corte. Una de las principales razones de que su tamaño fuera cada vez menor era que las cortesanas transportaban a los perros en las mangas de sus vestidos.
Los primeros estándares redactados son obra de la emperatriz Tsu Hsi, con textos y dibujos, momento de máximo esplendor de la raza dentro de la corte, entre 1821 y 1851. Se tiene constancia de que en esa época se dicta diariamente el menú de los perros.

En 1830, cuando el palacio imperial es tomado por los británicos durante la insurrección de los bóxers, un oficial salvó de la muerte a cinco perros, ya que los chinos los sacrificaron para que no cayeran en manos de los occidentales; uno de ellos fue regalado a la reina Victoria. Al Reino Unido llegaron más ejemplares entre 1893 y 1896, momento en el que comienza su cría. Existe polémica acerca de cuándo se había empezado a exponerlos; según unas fuentes hacia 1863, en Londres, y hacia 1893, en Chester, según otras. Desde su entrada en Europa fue una de las razas preferidas por las clases sociales más relevantes.